Der Film beginnt damit, dass Fuyuki und der Keroro-Zug Machu Picchu erkunden. Keroro löst versehentlich eine Falle aus und zufällig finden sie einen Raum mit einem großen blauen Kristall in der Mitte, auf einem Ständer, in dem sich ein Schlüssel befindet. Keroro stützt sich auf den Schlüssel, wodurch der Raum aktiviert wird und sie aus dem Raum rennen. Fuyuki erhascht einen flüchtigen Blick auf Nazca, als er hinausläuft, und erzählt Keroro, dass ein Mädchen im Raum ist, aber er muss den Raum verlassen, bevor er noch etwas sagen kann...
