Nach der Ankunft des mächtigen Giganten Ghidorah müssen sich die Menschheit und ihre außerirdischen Verbündeten in der finalen Schlacht behaupten.
Haruo und die außerirdischen Verbündeten der Menschen, die Bilusaludo, können sich nicht über die Verwendung des Nanometalls im Kampf gegen Godzilla einig werden. In einer folgenschweren Entscheidung verwendet Haruo die Reserven, die für den Kampf gegen Godzilla gedacht waren, zur Zerstörung von Mechagodzilla City. Während die Menschheit am Abgrund steht und die Priester der Exif immer mehr Anhänger um sich scharen, taucht der übermächtige Ghidorah am Himmel auf. Eins ist klar: Im Kampf gegen Ghidorah muss Haruo jede Möglichkeit nutzen, stärker zu werden: Aber zu welchem Preis?
