Zweihundert Jahre nach den Ereignissen von Alien³ wird Lieutenant Ellen Ripley von Militärwissenschaftlern geklont, die sich für die Alien-Königin interessieren, für die sie zum Wirt geworden war. Wie die "Company" aus den früheren Filmen beabsichtigt das Militär, die Königin zu benutzen, um eine Streitmacht von Biowaffen zu züchten. Doch dann geht etwas schief: Die Aliens, die sie studieren, schaffen es zu entkommen und schwärmen über das Wissenschaftsschiff aus. Es liegt an den vier gestrandeten Helden Ripley, Call, DiStephano und Christie die Aliens auszulöschen und das Schiff sicher zur Erde zurückzubringen. Das Gameplay ist Standard-FPS-Action, mit begrenzter Munition und vielen Gefahren, die es zu umgehen oder den Schalter zum Deaktivieren zu finden gilt. Der Spieler wechselt bei jedem Levelwechsel zwischen den vier Hauptcharakteren, die jeweils über leicht unterschiedliche Fähigkeiten verfügen (Call hat einen Bewegungsmelder, Christie hat seine Zwillingspistolen aus dem Film). In den Levels geht es darum, die Auriga am Laufen zu halten und sich einen Weg durch das Schiff zu bahnen, um zu entkommen.
